Хламидиобактерии также поражают мочеполовую систему. Симптомы сходны с симптомами гонореи, но дают о себе знать позднее, приблизительно через две недели после заражения. Начинается умеренное жжение во время мочеиспускания, особенно в области отверстия уретры. Выделений может не быть или они не очень обильные и появляются только утром. До недавнего времени хламидиобактерии считались одними из множества микроорганизмов, вызывающих воспаление уретры. Хламидиоз считали "чисто мужской" болезнью, неприятной, но не опасной.

Сейчас известно, что невылеченный хламидиоз может вызвать воспаление конъюнктивы, способствовать воспалению суставов: тазобедренных, плечевых, коленных и запястья. Воспаление суставов лечится быстро, но время от времени обостряется. Повторяющиеся воспаления могут привести к хроническому заболеванию суставов.

Недиагностированный хламидиоз особенно опасен для женщин, поскольку может стать причиной воспаления маточных труб и бесплодия. К сожалению, среди мужчин много бессимптомных носителей, представляющих собой "молчаливый очаг" заражения.

Считается, что в США ежегодно происходит 310 миллионов новых инфицирований. В Великобритании число случаев заражения доходит до 75000 в год. К счастью, хламидиоз легко и быстро лечится антибиотиками группы тетрациклина. Более подвержены этому заболеванию мужчины с гипоспадией, поскольку микроорганизмам, находящимся во влагалище, легче проникнуть в отверстие уретры в результате его неправильного расположения. Предполагают, что у пожилых мужчин заражение вызывает воспаление предстательной железы. Любое инфицирование мочеполовых путей чаще встречается у гомосексуалистов, поскольку при анальном сексе уретра подвергается контакту с содержащей многочисленные бактерии прямой кишкой.